龍馬伝「龍馬の秘策」より。
長崎で食べていくための金銭を稼ぐため坂本龍馬・沢村惣之丞・近藤長次郎・陸奥陽之助（陸奥宗光）らはカステラの商売を始める。
長崎の商人からお金を借りて、カステラを作る材料を購入するが、うまく作れず悩む。
江戸幕府は長州を討伐するための準備を着々と進める。
坂本龍馬は、今は日本の植民地化を企む異国と対峙するため、日本人同士で争っている場合ではないと、長州や薩摩に諭す。
薩摩の西郷吉之助に対して、異国に言いなりになっている幕府と戦うには、長州と組むしかないと説く。
龍馬伝「西郷吉之助」より。
薩摩藩は最新式の軍備を備えていた。
坂本龍馬と西郷吉之助初対面する。
長州攻めをやめうるよう嘆願する。
海軍操練所は解散する。
薩摩は、長州征伐をやめるよう幕府に進言する。
幕府は、薩摩の要求をのまざるを得ないほど、資金に困っていた。
薩摩に踊らされたくない幕府はこの時からフランスに頼るようになっていった。
そのころ土佐では、岩崎弥太郎が武市半平太より岡田以蔵を楽にしてやってほしいと毒まんじゅうを渡された。
しかし岩崎弥太郎は、毒まんじゅうを岡田以蔵に渡すことができなかった。
坂本龍馬と陸奥陽之助は、幕府に対抗するために薩摩と長州を結ぶべく、長州藩の桂小五郎のもとへ行く。
龍馬は薩摩藩の西郷吉之助とはすでに長州と組む旨の約束を取り付けていた。
まず大宰府に幽閉されていた三条実美と中岡慎太郎（元土佐勤王党）の元へ出向き、手紙をしたためてもらう。
そして桂小五郎のもとへ行き、西郷吉之助の到着を待つが、西郷はあらわれず、中岡慎太郎一人が龍馬のところへ馳せ参ずる。
中岡新太郎の話によると、西郷は途中で進路を変えてしまったという。
龍馬伝「西郷はまだか」より
長州藩の桂小五郎と会うために下関へ向かっていた西郷吉之助だが、船に幕府の隠密が潜り込んでいたことを発見し、下関へ向かうことを断念し、京へ向かう。
龍馬と中岡慎太郎は、西郷を追って京へ向かう。
京では、旅籠りにてお龍が新撰組の近藤勇の酒の相手をしていた。
お龍は嫌々相手をしていたという。
そこへ龍馬が割って入り、一触即発の危機を迎える。
龍馬は峰打ちで近藤勇を眠らせ、その場を去り風呂に入る。
風呂で、龍馬を探しに来ていた千葉道場の千葉重太郎と会う。
千葉重太郎は、妹の千葉佐那と夫婦になってほしい旨、懇願するが、龍馬は断る。
夜になって目を覚ました近藤勇が龍馬の寝床を襲撃するが、龍馬はこれを交わす。千葉重太郎も龍馬に加勢し討ち合いになるところ、お龍が止めに入る。
近藤勇は、その場を去る。
千葉重太郎はあきらめて江戸へ帰る。
龍馬と中岡新太郎は再び西郷吉之助と会い、軍艦一隻と銃100丁を手土産に長州と手を結ぶように説得する。
龍馬伝「狙われた龍馬」より
長崎に手亀山社中を結成した龍馬らは、薩摩藩の西郷吉之助より、長州藩と同盟することと以前約束を反古にしたことのお詫びとして銃と軍艦を薩摩藩名義で購入し長州藩へ届けることの言質を取った。
イギリスの貿易商トマスグラバーのもとへ行き、輸送船のレンタルの交渉へ行くが、金の出所がはっきりしないという理由で断られる。
そこで坂本龍馬は、長州藩の桂小五郎より銃と軍艦の購入資金を準備するとの手紙をしたためてもらっていること、長州藩と薩摩藩が手を組んで徳川幕府の世をひっくり返すという目的をトマスグラバーに話す。
トマスグラバーは、商売以外は興味がないため、これを聞いて軍艦の交渉に応ずることを了承する。
そして近藤長次郎が軍艦の詳細な交渉ごとの任にあたり、軍艦ユニオン号の契約を結ぶ。
そのころ長崎の町ではキリシタンの取り締まりが行われていた。
芸妓で隠密のお元という女性も、キリシタンであることを隠しつつ芸妓と幕府の隠密を続けていたが、龍馬にこの事実を知られる。
お元は高句麗からきたためキリシタンであるという。
龍馬はこの事実を奉行所には報告しないと約束した。
龍馬伝「亀山社中の大仕事」より
後藤象次郎の命で、薩摩の動きを偵察するために京へ来ていた岩崎弥太郎は、新撰組につかまってしまい、
厳しい取り調べを受ける。
お龍が働く京の寺田屋に龍馬は身を寄せていた。
そのころ京の薩摩藩邸では、西郷吉之助と木戸孝充（桂小五郎の幕府に悟られないための別名）との間で薩長同盟の話し合いが行われていたが、幕府に悟られないよう小松帯刀邸に場所を移す。
この話をお龍から龍馬は高杉晋作から龍馬の護衛を任されていた三吉慎蔵とともに、小松帯刀邸へ向かい、
慶応２年（１８６６年１月２２日）坂本龍馬が立会のもと、薩摩藩（西郷吉之助）と長州藩（木戸孝充）との間で密約が締結される。
長州が幕府から攻撃を受けた時は、薩摩は長州を徹頭徹尾助けるという内容のものだった。
これより龍馬は幕府から追われる身となる。
龍馬伝「薩長同盟ぜよ」より
後藤象次郎は、岩崎弥太郎を世話役とし土佐藩のために異国と商売をするよう命ずる。そして通訳にジョン万次郎をつける。
龍馬は、寺田屋で負傷した傷の療養と、これからなすべきことの決意を心に刻むために、吉井幸蔵とお龍とともに霧島山（高千穂峰）に登る。
霧島山は女人禁制のため、お龍は男装して登る。
高千穂峰は、天照大神の御孫であるニニギノミコトが乱れた日本をおさめるために降臨したという伝説があり、その頂には天の逆鉾が突き立てられている。
龍馬はこれを引き抜いて、これからすべきことの決意表明をする。
慶応２年１８６６年６月幕府軍が長州に攻め込む
高杉晋作が陣頭に立って応戦する。
長州兵４０００に対して幕府軍は１５万。
龍馬は西郷吉之助に薩摩から長州に援軍を送るよう嘆願するが、薩摩は兵を動かず。
大島が幕府軍の手に落ちる。
そのころ亀山社中では、ワイルウェフ号が嵐にあい、長崎の芸子・お元に結婚を申し込んでいた池内蔵太が命を落とす。
龍馬伝「霧島の誓い」より
龍馬が書いた一枚の紙には、大政奉還や議会制民主主義、差別のない国など日本の未来が書いてあった。のちに船中八策と呼ばれるものであった。（やがて新政府綱領八策という明治政府の基本理念となった。）
龍馬はこれを後藤象次郎に見せて、土佐藩主・山内容堂にも見てもらうよう願い出る。
岩崎弥太郎、トマスグラバーにビジネスのイロハを教えてほしいと申し出る。
西郷吉之助より、後藤象次郎と話がしたいとの申し出を受けて、京の三本木料亭で西郷隆盛、大久保利通、小松帯刀、後藤象次郎、坂本龍馬らが集まり話し合いをする。
大政奉還を目指す土佐藩と、武力による討幕を目指す薩摩藩で意見が対立したが、
最終的に、大政奉還を目指すことで合意。ただし大政奉還がならなかった時には、武力により討幕を目指すこととし、土佐藩もこれに加勢することで話がまとまる。
龍馬伝「船中八策」
龍馬は、新政府要綱八策を各藩の重役に送る。
中岡新太郎は、西郷吉之助より指摘を受けた新政府要綱八策の○○○にだれが入るかを確認するため、龍馬のもとへ向かう。
岩崎弥太郎は、ミニ英銃９０００丁を売り５０００両を超える大金を得る。これを龍馬に渡しに行くが、龍馬は弥太郎がこれからなすべきことのために使ってくれといい、受け取りを拒否。
途中で、新撰組と中岡新太郎との間で小競り合いが起こるが、大事には至らず両者はその場を去る。
徳川幕府が大政奉還をしたことにより武士の世が幕引きとなったことで、龍馬に恨みを抱く侍があらわる。
龍馬と中岡新太郎は京の近江屋で会い、新しい政府のあり方や新政府の要人となる人物について話し合う。
そして慶応3年11月15日夜8時ごろ、京の近江屋にて、坂本龍馬と中岡新太郎、藤吉が侍数人に襲われ暗殺される。
岩崎弥太郎、泣き崩れる。
龍馬伝最終回「龍の魂」より