新撰組の取り調べから解放された岩崎弥太郎を、坂本龍馬と三吉慎蔵が寺田屋へ運ぶ。
龍馬は、後藤象次郎の命により京へ来ていることを岩崎弥太郎から聞かされ、
龍馬は、弥太郎にもうじき時代が変わる、江戸幕府の時代が終わるなど、簡単な経緯を伝えて、弥太郎を土佐へ戻るよう説得する。
このころ京都守護職（会津藩主）の松平容保は、ひそかに龍馬捕縛のため、伏見奉行所の役人十数名を寺田屋へ差し向ける。
深夜３時ごろ、伏見奉行所の役人に寺田屋が襲撃される。
お龍は、京の薩摩藩邸に、龍馬が襲撃された旨、伝えに行く。
龍馬はピストルで威嚇し、三吉慎蔵は槍で応戦するが、龍馬が手を切られてしまう。
それでもなんとかその場から逃れた龍馬と三吉慎蔵は、近くの材木小屋に身をひそめる。
龍馬は出血がひどいため小屋に留まり、三吉慎蔵が京の薩摩藩邸へ向かい、龍馬を助けてくれるよう依頼する。
薩摩藩は、材木小屋の屋根の上に身を隠していた龍馬を救出する。
龍馬伝「寺田屋騒動」より。
龍馬の幼馴染で勝塾の訓練生である近藤長次郎がお徳とケッコンし、神戸村に海軍操練所ができるところから始まる。
攘夷派の中心であった長州藩が、薩摩藩や会津藩によって都から追い出される８月１８日の政変より幕府による攘夷派の弾圧が始まった。
土佐勤王党から海軍訓練生として派遣されていた望月亀弥太が、攘夷を実行するために長州藩の過激な攘夷派が集まる三条小橋の旅籠「池田屋」へ向かう。
坂本龍馬はこれを止めようと望月亀弥太の後を追うも、京都の治安部隊として浪人などで結成された新撰組によって池田屋が襲撃される。
望月亀弥太は、池田屋より命からがら逃げのびるも、途中で一命を落とす。
龍馬伝「池田屋に走れ」より
龍馬伝「愛の蛍」
幕府の命を受け京の治安を維持するために浪人などで結成された新撰組によって、攘夷派の獅子たちぃが惨殺された。後の世に言う池田屋事件である。
桂小五郎は、たまたま池田屋に居合わせず、助かる。
そのころ土佐では、吉田東洋闇打ちの件で岡田以蔵に対しての取り調べが厳しくなっていた。
岩崎弥太郎、後藤象次郎の命により、武市半平太の取り調べの任に就かされる。
お龍が仲居として働いている宿「扇岩」へ龍馬がと桂小五郎が訪れる。
お龍と龍馬の会話。
お龍の父は医者をやっていたが、攘夷派の侍を助けたことをとがめられ、安政の大獄で命を落とした、と龍馬に伝える。
投獄中の武市半平太より牢番の和助を介して妻・お富へ手紙を送る。
そしてお富から武市半平太に宛てて送られた手紙には蛍が入っていた。２人の絆は強かったという。
幕末個室居酒屋「龍馬の空‐新宿社中‐」。東京都新宿区のグルメスポット。坂本龍馬が生きた時代がデザインされたお店です。人気が高く幕末の雰囲気を味わえます。フロアは、エントランスのほか、土佐エリア、薩摩エリア・長崎エリア・江戸エリア・長州エリア・京都エリアがあります。メニューも豊富。土佐はちきん地鶏の竜田揚げ、「いろは丸」本日の刺身三点盛り、薩摩芋のカリカリシーザーサラダ、薩摩藩の黒豚の蒸篭蒸し、きびなごの南蛮漬け炭火串焼き 北辰一刀流、炭火串焼き 二刀流、お新香盛り、薩長同盟 VS 新撰組】黒豚とはちきん地鶏と本日の新鮮魚介の蒸篭蒸し、「船中五策」特選刺身五点盛り、龍馬の焼き鯖棒寿司、江戸「ももんじ屋」〜国産牛肩ロースの蒸篭蒸し、元祖！お江戸のハイボール、焼酎、ワイン、
日本酒（冷と熱燗）、ハイボール、果実酒など。
長州藩の桂小五郎と会うために下関へ向かっていた西郷吉之助だが、船に幕府の隠密が潜り込んでいたことを発見し、下関へ向かうことを断念し、京へ向かう。
龍馬と中岡慎太郎は、西郷を追って京へ向かう。
京では、旅籠りにてお龍が新撰組の近藤勇の酒の相手をしていた。
お龍は嫌々相手をしていたという。
そこへ龍馬が割って入り、一触即発の危機を迎える。
龍馬は峰打ちで近藤勇を眠らせ、その場を去り風呂に入る。
風呂で、龍馬を探しに来ていた千葉道場の千葉重太郎と会う。
千葉重太郎は、妹の千葉佐那と夫婦になってほしい旨、懇願するが、龍馬は断る。
夜になって目を覚ました近藤勇が龍馬の寝床を襲撃するが、龍馬はこれを交わす。千葉重太郎も龍馬に加勢し討ち合いになるところ、お龍が止めに入る。
近藤勇は、その場を去る。
千葉重太郎はあきらめて江戸へ帰る。
龍馬と中岡新太郎は再び西郷吉之助と会い、軍艦一隻と銃100丁を手土産に長州と手を結ぶように説得する。
龍馬伝「狙われた龍馬」より
後藤象次郎の命で、薩摩の動きを偵察するために京へ来ていた岩崎弥太郎は、新撰組につかまってしまい、
厳しい取り調べを受ける。
お龍が働く京の寺田屋に龍馬は身を寄せていた。
そのころ京の薩摩藩邸では、西郷吉之助と木戸孝充（桂小五郎の幕府に悟られないための別名）との間で薩長同盟の話し合いが行われていたが、幕府に悟られないよう小松帯刀邸に場所を移す。
この話をお龍から龍馬は高杉晋作から龍馬の護衛を任されていた三吉慎蔵とともに、小松帯刀邸へ向かい、
慶応２年（１８６６年１月２２日）坂本龍馬が立会のもと、薩摩藩（西郷吉之助）と長州藩（木戸孝充）との間で密約が締結される。
長州が幕府から攻撃を受けた時は、薩摩は長州を徹頭徹尾助けるという内容のものだった。
これより龍馬は幕府から追われる身となる。
龍馬伝「薩長同盟ぜよ」より
龍馬は、新政府要綱八策を各藩の重役に送る。
中岡新太郎は、西郷吉之助より指摘を受けた新政府要綱八策の○○○にだれが入るかを確認するため、龍馬のもとへ向かう。
岩崎弥太郎は、ミニ英銃９０００丁を売り５０００両を超える大金を得る。これを龍馬に渡しに行くが、龍馬は弥太郎がこれからなすべきことのために使ってくれといい、受け取りを拒否。
途中で、新撰組と中岡新太郎との間で小競り合いが起こるが、大事には至らず両者はその場を去る。
徳川幕府が大政奉還をしたことにより武士の世が幕引きとなったことで、龍馬に恨みを抱く侍があらわる。
龍馬と中岡新太郎は京の近江屋で会い、新しい政府のあり方や新政府の要人となる人物について話し合う。
そして慶応3年11月15日夜8時ごろ、京の近江屋にて、坂本龍馬と中岡新太郎、藤吉が侍数人に襲われ暗殺される。
岩崎弥太郎、泣き崩れる。
龍馬伝最終回「龍の魂」より